Aunque algunos sustitutos del azúcar no presentan problemas aparentes, se ha demostrado que otros promueven la disbiosis intestinal, lo que provoca una inflamación crónica de bajo grado y contribuye a la resistencia a la insulina y al aumento de la permeabilidad intestinal. Otros resultados han vinculado su uso con un aumento de las mutaciones de Escherichia coli y mayores tasas de resistencia a los antibióticos.
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Los sustitutos del azúcar, originalmente pensados para reducir los riesgos para la salud, pueden causar estragos en los microbiomas intestinales